国家植物园标志是由艺术家韩美林进行设计和创作的，选择了最能代表中国的两种特有珍稀植物：银杏和水杉，它们被称为世界上现存最古老的树种，是植物界的“活化石”。国家植物园标志图案搭配使用英文字母“C”形的炫动笔触，这是英文单词中国“CHINA”的首字母，整个构图为圆型，代表我们生存的地球，保护好植物，就是保护我们人类，保护地球上的其它生命。标志设计经历了大量修改，始终秉持体现“构建地球生命共同体”的理念。