3月31日，南京全市符合条件的初中三年级、职教高考年级师生员工将返校复学。该市新冠肺炎疫情联防联控工作指挥部学校防控组的通告称，其他学段、年级返校复学安排将根据防控形势，报经指挥部批准后提前公布。

16日起，南京全市中小学（含中等职业学校、特殊教育学校、外籍人员子女学校、技工学校等）暂停线下教学，转为线上教学；幼儿园暂停入园，开展线上居家生活指导。后经市疫情防控指挥部批准，全市普通高中三年级师生员工于24日下午返校复学。

对返校复学相关问题，“南京发布”答疑称，列为第二批次返校复学的初三年级、职教高考年级所在学校不位于中高风险地区，也不在封控区、管控区内，均严格落实返校复学验收标准。返校复学前，师生员工和家庭同住人员要做好个人健康管理，尽量减少外出，报到时须提供本人及家庭同住人员返校前三天内两次核酸检测阴性证明及无异常的健康码、行程卡。暂不能返校的师生员工包括：实际居住地在中高风险地区、封控区、管控区内，或14日内到过上述区域的；本人或家庭同住人员从外市返宁，尚未按规定完成健康管理的；仍在集中隔离、居家隔离、居家健康监测管理期内的。